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RECCT-Cay——一种可在现场使用的自动化病原体检测平台(RPA)CRISPR/Cas12a检测法,用于检测人类粪便中的旋毛形线虫

环孢子虫是一种可感染人体的寄生原虫,主要通过被污染的水源、生食果蔬传播,引发环孢子虫病,典型症状为水样腹泻、腹痛、乏力、食欲减退,病程常迁延数周。诊断多依靠粪便检查卵囊或PCR核酸检测,日常预防以注意饮食饮水卫生、彻底清洗果蔬为主。

本文提出了一种名为‌RECCT-Cay‌ 的现场即时检测平台,用于检测人粪便中的‌环孢子虫‌。该方法结合了‌重组酶聚合酶扩增‌ 和‌CRISPR/Cas12a‌ 系统,旨在解决传统检测方法在偏远地区或现场应用中的局限性。

‌一、研究背景与目标‌

·‌问题:‌ 环孢子虫是一种通过食源性和水源性传播的新兴肠道致病性原虫,在全球多地引起疾病爆发。目前常用的显微镜检查和PCR检测方法存在操作繁琐、耗时、需要专业实验室和人员、或灵敏度/特异性不足等问题,不适合现场即时检测。

·‌目标:‌ 开发一种‌快速、灵敏、特异且适用于现场‌的POCT检测方法,用于环孢子虫的快速诊断。

‌二、研究方法与技术原理‌

1.‌技术平台:‌ 建立了‌RECCT-Cay‌ 检测平台。

o‌第一步:‌ 使用‌RPA‌ 在恒温(37°C)下快速扩增目标DNA(选择环孢子虫线粒体基因组中的 ‌Cox3 基因‌ 作为靶点)。

o‌第二步:‌ 利用‌CRISPR/Cas12a‌ 系统进行检测。当Cas12a蛋白在crRNA引导下识别并切割目标DNA后,会激活其非特异性切割活性,进而切割带有荧光基团-淬灭基团或FAM-生物素标记的报告分子。

2.‌结果判读:‌ 可通过两种方式直观读取结果:

o‌荧光检测:‌ 在蓝光仪器下肉眼观察荧光信号。

o‌侧向流动试纸条:‌ 通过试纸条上检测线是否显色进行判断。

3.‌配套开发:‌ 设计并开发了一个‌便携式手提箱‌,集成了从样本采集、快速粪便DNA提取到RECCT-Cay检测所需的全部试剂(包括冻干试剂)和最小化设备,实现了“一站式”现场检测。

其中,使用了沃博生物的产品,CRISPR Cas12/13 HybriDetect试纸条,货号JY0301。

 

三、主要研究结果‌

1.‌高灵敏度:‌

o对纯化DNA的检测限低至 ‌7 拷贝/微升‌。

o在模拟临床条件下(粪便样本),检测限为‌每克粪便30个卵囊‌。

2.‌高特异性:‌ 该方法能有效区分环孢子虫与其亲缘关系密切的艾美耳球虫属物种,以及与其它常见肠道原虫(如刚地弓形虫、微小隐孢子虫等),无交叉反应。

3.‌临床验证:‌ 对30份临床粪便样本进行检测,其结果与巢式PCR检测结果完全一致(3份阳性,27份阴性),证明了该平台的临床适用性。

4.‌快速简便:‌ 整个检测过程可在约1小时内完成,且操作简单,无需复杂仪器和专业技术人员。

RECCT-Cay平台有哪些优势?

‌1. 快速高效‌

·整个检测过程(从样本处理到结果判读)可在‌约1小时内‌完成,远快于传统的PCR方法。

·采用‌恒温扩增(RPA)‌,无需复杂的温度循环设备,简化了操作流程。

‌2. 高灵敏度与高特异性‌

·‌灵敏度高‌:对纯化DNA的检测限低至‌7拷贝/微升‌;在模拟临床粪便样本中,检测限为‌每克粪便30个卵囊‌。

·‌特异性强‌:能够有效区分环孢子虫(Cyclospora cayetanensis)与其亲缘关系密切的艾美耳球虫属(Eimeria spp.)物种,以及其他常见肠道原虫(如弓形虫、隐孢子虫等),无交叉反应。

‌3. 适用于现场即时检测(POCT)‌

·‌设备要求低‌:核心反应在恒温(如37°C,可利用体温)下进行,无需昂贵的精密仪器(如PCR仪)。

·‌结果可视化,操作简便‌:

o可通过‌便携式蓝光仪器‌肉眼观察荧光信号。

o可使用‌侧向流动试纸条‌进行结果判读,无需专业技术人员。

·‌集成化便携设计‌:研究配套开发了一个‌便携式手提箱‌,集成了从样本采集、快速DNA提取到检测所需的全部冻干试剂和最小化设备(如移液器、恒温金属浴),实现了“一站式”现场检测。

‌4. 技术先进性与可靠性‌

·‌技术组合创新‌:首次将‌RPA恒温扩增‌与高特异性的‌CRISPR/Cas12a‌系统结合用于环孢子虫检测。

·‌临床验证一致‌:对30份临床粪便样本的检测结果与巢式PCR结果完全一致,证明了其临床应用的可靠性。

‌四、局限性‌

1.RPA试剂成本相对较高。

2.目前采用RPA与CRISPR/Cas12a分步反应,开管步骤有气溶胶污染风险,未来可优化为单管反应。

3.粪便基因组DNA的快速提取效率仍有提升空间。

‌五、结论与意义‌

本研究首次成功将RPA与CRISPR/Cas12a技术结合,应用于环孢子虫的检测。所构建的 ‌RECCT-Cay平台‌具有‌快速、高灵敏度、高特异性、设备要求低、结果可视化的优点‌。配合开发的便携式手提箱,该技术特别适用于‌诊所、偏远地区或现场环境‌下环孢子虫的初步筛查和诊断,为未来POCT技术的发展提供了重要参考。

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